本校創立於民國八年四月一日名為「北港公學校頂蔦松分校」在三角埔庄民公塾堂（後置為慶昌戲院）上課學生一一二名。
民國十年四月一日獨立設校為「蔦松公學校」並遷至現址。民國十四年三月二十五日第壹屆畢業生二十四名畢業。
民國十七年四月一日改稱「蔦松國民學校」。
民國三十四年十月二十五日臺灣光復改稱「台南縣北港區水林鄉第二國民學校」
民國三十六年二月改「台南縣水林鄉蔦松國民學校」。
民國三十九年十二月改稱「雲林縣水林鄉蔦松國民學校」。
民國五十七年八月實施九年國民義務教育，學校改制為「雲林縣蔦松國民小學」
校名雖屢因年代之變換而更易， 但學校師長均秉持教育愛，在此教育莘莘學子向學為善之心未曾改變。 蔦松國小有悠久校史，作育英才無數，歷屆傑出校友，均秉持回饋母校之心，或捐資興學設立獎學金，或成為人師，回母校任教。 未來蔦松國小將繼續盡教養學童之責，陶治學生品德、啟蒙學童智能，為社會、國家盡一分心力。